土壤中生活着大量的微生物。它们很小，通常用微米或毫微米计算。一般来说，1克土壤中有106~109种。土壤微生物种类繁多，包括细菌.真菌.放线菌和各种藻类。

它们在土壤中氧化.硝化.氨化.固氮.硫化过程促进了土壤有机质的分解和营养物质的转化，其类型和数量随土壤环境和土壤深度的不同而变化。土壤微生物通常是最多的细菌，有益的细菌是固氮细菌.硝化细菌和腐生细菌；有害细菌包括反硝化细菌。随着微生物研究技术的不断发展，越来越多的功能性微生物受到重视，并应用于农业生产和生态环境保护。

使用微生物肥料.用微生物生产的杀虫剂或农用抗生素取代会严重污染环境和不可降解的化肥或化学农药PHB；利用微生物降解.氧化等生化活性净化生活污水.有毒工业污水和生活有机废物；利用微生物检测环境污染，利用发光细菌检测水污染。

活性植物促进根系菌

促生根际菌(plantgrowth-promotingrhizobacteria,简称PGPR)，它能促进植物生长.防治病害.增加作物产量的微生物。PGPR虽然它们只占根细菌的2%~5%，但它们在土壤中有害病原微生物和非寄生性根有害微生物的生长和发育中起着重要作用。

自从1978年Burr等人先在马铃薯上报告PGPR国内外已发现荧光假单孢菌.芽孢杆菌.根瘤菌.沙雷氏属等20多种根际微生物具有防病促生的潜力，假单胞菌最多(Pseudomonas),

二是芽胞杆菌属(Bacillus).农杆菌属(Agrobacterium).埃文氏菌属(Eriwinia)黄杆菌属(Flavobacterium).巴斯德氏菌属(Pasteuria).沙雷氏菌(Serratia).肠杆菌(Enterobacter)等等。这一领域的国际研究非常活跃，每三年举行一次国际专业研讨会，第九届研讨会于2012年10月在印度举行。

勤劳的固碳自养微生物

CO2的固定是指生物吸收CO2转化为自身细胞物质的过程。根据机制的不同，光合成可分为自养生物.细菌光合成和化学合成，以及异养生物或自养生物中的二氧化碳暗固定。光合成和细菌光合成同化所需的能量来自光能，化学合成是用无机氧化能固定二氧化碳。

以光为能微生物主要包括微藻和光合细菌，它们都含有细胞色素，以光为能量，CO2是碳源、合成细胞组成物质或中间代谢物。其中，微浴属于真核微生物，种类繁多，包括绿藻、硅藻、红藻等。光合细菌属于原核生物为蓝藻）“蓝细菌”)虽然它们是原核生物，但它们可以像植物叶绿体一样产生氧光合作用。其他光合细菌有多种色素，用于硫化氢.硫或氢作为电子供体，但不氧化水产生氧气。

这些非氧光合细菌包括红细菌.红螺菌.绿弯菌.绿硫细菌等。化能自养微生物包括严格的化能自养菌和兼性化能自养菌。它们用于CO2为碳源，能量主要通过氧化H2.H2S.S2O32－.NH4＋及Fe2+获得还原无机物质，其中严格的化能自养菌代表微生物中的硫氧化细菌.铁细菌.氨氧化细菌和硝化细菌；兼性自养菌CO氧化细菌和有氧氢氧化细菌。具有固碳功能的微生物分布广泛，环境适应性强，每年可固定约0种.6～4.9GtC。因此，通过深入研究土地管理对土壤固碳细菌的影响，调整土壤细菌群落结构，增加固碳微生物优势种群，减少亚氮、甲烷等温室气体的排放，实现土壤固碳和减排的双赢局面。

微生物有效降解有机污染物

有机污染物是指碳水化合物.蛋白质.氨基酸、脂肪等形式的天然有机物和其他一些可生物降解的合成有机物。中国农业土壤中有15种多环芳烃（PAHs）平均总量为4.3mgkg-1.主要是4环以上致癌污染物。微生物降解多环芳烃的原因取决于它们对多环芳烃的代谢。微生物通过两种方式对待它们PAHs代谢代谢PAHs作为唯一的碳源和能源；或者PAHs共代谢降解与其代谢降解。

具有共代谢功能的微生物包括无色杆菌.节杆菌.黑曲霉.20多种固氮菌。目前，酚类化合物主要用于降解有机物的微生物.芳香族化合物.氯代脂肪族化合物和腈类化合物等四种难降解有机物。降解酚的细菌包括黄杆菌.镰刀菌.白僵菌降解率为96%.假单胞菌降解率为95%。对芳香族有好处（PAES）降解的微生物主要有：棒状菌.氮单胞菌.假单胞菌.黄单胞菌.棒状杆菌.芽孢杆菌.产碱杆菌.青霉.木霉菌等。棒状杆菌是断裂杂环化合物和碳氢化合物链的主要细菌。假单胞菌在土壤中很常见，可以适应许多合成有机物…

环境保护和环境污染的生物修复是21世纪的全球战略任务，微生物将在其中发挥越来越不可替代的作用。让我们利用这些美妙的微生物来净化我们的生态环境，创造一个更好的家！

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